המודל שמציע מרכז הינם הוא "סובלנות באמצעות היכרות". לא היכרות שטחית, של מידע על האחר, אלא היכרות אמיתית ואישית, כזו שיוצרת חיבור וגשר. את הגישה הזו מיישם מרכז הינם בשני סוגי פעילויות: מסעות לתוך החברה הישראלית, שבהם המשתתפים "חיים חיים של אחרים", ומכירים את האחר בסביבתו שלו; ומרכז לסובלנות בכפר אבו גוש, שבו פעילות - בית מדרשית ואחרת - שסביבה ודרכה מכירים המשתתפים, בעלי הזהויות השונות, האחד את השני.